He visto muchos programas o scripts que hacen esta operación, personalmente a mi el que más me gusta es de la empresa BullZip y el programita en cuestión se llama MS Access to MySQL.
Se instala y te pide que selecciones el archivo .mdb, y luego las tablas que quieres volcar a mysql , puede volcarlas directamente indicandole el hostname, db y password o genera un archivo de texto con la estructura de la tabla y los inserts directamente, una maravilla, sencillo y funciona de lujo.
